miRNA是重要的转录后基因表达调控因子,并在各种生物学过程中发挥关键作用。据报道,miRNA的异常调控与多种疾病的发生和发展有关,包括癌症,心血管疾病等。但是潜在的机制仍然难以捉摸,部分原因是转录因子(TF)-miRNA调控的数据是比较缺乏。这个时候,TransmiR数据库就显得十分重要了。

TransmiR是收集转录因子(TF)-microRNA(miRNA)的数据库,通过它我们可以找到TF和miRNA之间的调控关系。现在TransmiR已经升级到2.0版本,从1045个出版物中手动整理了2852个TF-miRNA条目,并包括了源自ChIP-seq的TF-miRNA数据。目前,ransmiR v2.0包含3,730个文献策划的TF-miRNA法规,涵盖约623个TF,约785个miRNA,19种生物和1,349种出版物。此外,还提供了来自5种物种的ChIP-seq证据得出的1,785,998 TF-miRNA信息,详细注释了所有TF-miRNA内容,还包括来自miRNA目标数据库TarBase和miRTarBase的经过实验验证的miRNA-TF反馈信息。

https://zhuanlan.zhihu.com/p/342629982?ivk_sa=1024320u

数据统计

相关导航

暂无评论

暂无评论...