2003年,为了鉴定人类基因组序列所有功能元件,开始了ENCODE(the Encyclopedia Of DNA Elements)计划,2012年初步完成。
为了更好地整合基因feature,开始了GENCODE计划。包括人和小鼠的注释。包括编码蛋白基因(有不同的转录本)、非编码的loci、假基因。
Gencode数据库是ENCODE计划的衍生品,也是由大名鼎鼎的Sanger研究所负责整理和维护,主要记录了基因组的功能注释,比如基因组每条染色体上面有哪些编码蛋白的基因,哪些假基因,哪些lncRNA的基因,它们坐标是什么,基因上面的外显子内含子坐标是什么,UTR区域坐标是什么?
作者:TOP生物信息、生息菜鸟团
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